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十三行博物館的成立,起因於1990年十三行遺址的搶救發掘事件。當時政府欲興建污水處理廠,廠址即位於遺址所在地,考古學者大力呼籲搶救遺址,獲得社會大眾熱烈的迴響,因而保留部分遺址,指定為國家二級古蹟,現已為國定遺址。於1992年奉行政院核定,由當時的臺北縣政府負責籌設十三行博物館,以保存展示十三行遺址出土文物,於2003年4月24日開館營運。